การวิเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์โดยใช้ JMS-S3000

บทนำ

นิวคลีโอไทด์เป็นสารประกอบที่หมู่ฟอสเฟตจับกับนิวคลีโอไซด์ที่ประกอบด้วยเบสและน้ำตาล และเป็นส่วนประกอบสำคัญของกรดดีออกซีไรโบนิวคลีอิก (DNA) และกรดไรโบนิวคลีอิก (RNA) ยาที่มีกรดนิวคลิอิกกำลังได้รับความสนใจในฐานะยารักษาโรคที่รักษาได้ยาก และ ณ เดือนตุลาคม 2022 ยากรดนิวคลีอิก 16 ชนิดได้รับการอนุมัติในญี่ปุ่น สหรัฐอเมริกา หรือสหภาพยุโรป¹). ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา มีการใช้โอลิโกนิวคลีโอไทด์สังเคราะห์เป็นยารักษากรดนิวคลีอิก การยืนยันน้ำหนักโมเลกุลของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้นมีความสำคัญต่อการควบคุมคุณภาพของเภสัชภัณฑ์ ในรายงานนี้ เราใช้โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้น (ตารางที่ 1) เป็นตัวอย่างและวัดด้วย MALDI-TOFMS

ตารางที่ 1) ลำดับพื้นฐานของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สังเคราะห์ได้และ ม./ซ มูลค่า

ลำดับ	ต่ำที่สุด ม./ซ ค่าของ [M+H]⁺	กลาง ม./ซ ค่าของ [M+H]⁺
5'-CGCTAAGTACGCAATGGGCC-3'	6125.0710	6127.9928

เงื่อนไขการวัด

เมทริกซ์ 3-HPA (กรด 3-ไฮดรอกซีพิโคลินิก) ถูกเตรียมเป็น 20 มก./มล. 50% AcN (สารละลายในน้ำไดแอมโมเนียมซิเตรต 20 มิลลิโมลาร์) ใช้สารละลายน้ำ 50 ไมโครโมลาร์ของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้นเป็นตัวอย่าง หลังจากผสมสารละลายเมทริกซ์และสารละลายตัวอย่างที่อัตรา 5:1 (v/v) พวกมันจะถูกพบบนแผ่นเป้าหมาย อบแห้งในอากาศ และวัดในโหมด Linear TOF (โหมดไอออนบวก) และโหมด SpiralTOF (โหมดไอออนบวก) .

ผลลัพธ์และบทสรุป

รูปที่ 1 แสดงผลการวัดในโหมด Liner และ Spiral TOF ในทั้งสองโหมด โมเลกุลโปรตอนของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ถูกสังเกตเป็นพีคที่เข้มข้นที่สุด และยังสังเกตการเสริมโซเดียมไอออนด้วย ในโหมด Linear TOF เป็นการยากที่จะแก้ไขยอดไอโซโทปเนื่องจากความละเอียดมวลต่ำ แต่ในโหมด SpiralTOF จะได้ความละเอียดมวลประมาณ 40,000 และสังเกตรูปแบบไอโซโทปได้อย่างชัดเจน การเปรียบเทียบรูปแบบไอโซโทปจำลอง (รูปที่ 2a) และสเปกตรัมมวลที่วัดได้ (รูปที่ 2b) รูปแบบพีคของไอโซโทปจะสอดคล้องกันเป็นอย่างดี ข้อผิดพลาดมวลของ monoisotopic peak ได้รับการยืนยันเป็น -6.4 mDa (-1.0 ppm) โดยวิธีมาตรฐานภายนอก
ตามที่อธิบายไว้ข้างต้น JMS-S3000 "SpiralTOF™-plus 2.0" แสดงให้เห็นว่าเป็นเครื่องมือวิเคราะห์ที่มีประสิทธิภาพมากสำหรับการวิเคราะห์กรดนิวคลีอิก

รูปที่ 1 แมสสเปกตรัมของโหมด LinearTOF(b) และโหมด SpiralTOF(a)

รูปที่ 2 การเปรียบเทียบรูปแบบไอโซโทปตามทฤษฎี (a) และรูปแบบไอโซโทปที่ได้รับของ [M+H]⁺(B)

อ้างอิง

1) เว็บไซต์ของแผนกผลิตภัณฑ์เป้าหมายระดับโมเลกุลและยีนบำบัด สถาบันวิทยาศาสตร์สุขภาพแห่งชาติ ประเทศญี่ปุ่น
(https://www.nihs.go.jp/mtgt/pdf/section2-1.pdf)